La Safer de Franche-Comté a été créée en 1962.
Elle couvre les quatre départements de la région et mobilise vingt-cinq collaborateurs répartis en trois délégations départementales.
Elle est certifiée ISO9001 (version 2008).

Pourcentage d’opérations réalisées à l’amiable en 2007 : 99 %. 
Taux de prise de marché en 2007 (en surface) : 35,9 %.
 
Moyenne d’acquisition annuelle (2004 à 2007) : 443 dossiers, 2 173 ha.
 
Nombre de dossiers traités et surface rétrocédée (moyenne 2004 à 2007) : 501 dossiers, 2 144 ha, 
12 837 K€.

Nombre de candidats concurrents sur une opération en moyenne : 2,5.

• Le développement de l’agriculture et de la forêt :
Le développement durable de l’agriculture, en zone rurale, comme en zone périurbaine, devra porter une attention toute particulière en faveur de l’installation, le PPAS devant rester globalement cohérent avec les schémas départementaux des structures et des plans départementaux.
L’action en faveur de la mise en valeur forestière de la région prendra en compte les besoins d’aménagement parcellaire forestier et la transmission de massifs, dans le cadre d’une meilleure gestion et mobilisation de la ressource forestière.

• Le développement local :
La contribution au développement local, notamment avec le concours aux projets des collectivités et à l’aménagement du territoire, doit être prise en compte. Ceci nécessite de procéder à un inventaire des politiques publiques locales en matière d’aménagement rural et de développement local et d’orienter des porteurs de projets en milieu rural, répondant aux attentes exprimées.

• La protection de l’environnement et la préservation des paysages :
Elle devra également intégrer les politiques citées ci-dessus, plus spécifiquement en matière de protection et gestion de l’eau, en relation avec les syndicats et collectivités gestionnaires.